另一方面，临床效果属于客观评价指标，在临床中可以得到直接、准确的结果，包括挽救的生命数、血压降低值、血脂降低值等。但临床效果指标的选取较为困难，涉及到临床专业知识，需要根据疾病特征选取适宜指标。例如感染的发生率可以作为剖腹产后抗菌药物预防的临床效果指標，该指标具有较高的准确性与客观性，且容易量化，但针对其他治疗方案时，感染的发生率可能并不是一个有效的临床效果指标。因此，在进行CEA时，需要根据疾病特征，结合临床专业知识，选择适宜的指标。

    货币也属于客观指标，但其衡量过程有以下两个难点。第一，CBA中的效益往往发生在未来，主要指未来因为治疗而避免的患者产出价值的损失，因此需要注意对货币进行贴现处理，而贴现率的选择是研究的一个难点。第二，由于儿童和父母的相互依赖，儿童疾病会对其他家庭成员产生影响，这一点同样体现在经济效益上，即照顾患病儿童所需时间会对父母的生产力产生影响。因此，在CBA分析中，效益产出还需包括家庭成员因疾病治疗而造成的劳动力损失，而这类生产力损失的测量也是一个难点。

    由于健康效用值获取的难度较大，我国目前使用CUA的文献中效用值均从已有文献与资料中获得，很少使用量表测量真实效用值，致使结果可能存在一定误差;采用CEA的文献中，均以“总有效率”代表临床效果，指标选取粗糙，且容易掺入评价人的主观倾向 ......