在植物面对逆境胁迫时，基因的表达与否受到组蛋白甲基化、乙酰化等大量表观修饰的调控。连作作为一种特殊的环境胁迫，必然会引起连作地黄体内复杂的表观修饰变化。Yang等利用MSAP技术分析了连作地黄根细胞基因组的胞嘧啶甲基化状态的变化，通过比较头茬与连作地黄中的592个DNA甲基化多态性片段，发现连作引起了根细胞DNA甲基化位点增加，其中，甲基化修饰的基因主要有MYB转录因子、反转座子、植物色素B等与基因表达和植物正常生长发育相关的基因，这些基因被甲基化后DNA的空间结构发生改变而无法正常转录，致使地黄体内正常基因的表达程序出现紊乱^[41]。基因能否转录为蛋白发挥正常功能，需要经历转录后剪切、修饰等复杂调控过程，而 miRNAs在这个过程中起着重要作用。Yang等通过头、重茬地黄sRNA差异表达谱分析获取了大量显著差异表达miRNAs信息，利用降解组测序对差异miRNAs靶基因进行鉴定发现地黄miRNAs参与了连作地黄转录调节、激素代谢、信号传导、逆境响应等核心的生物学过程^[42-43] ......