晚年的朱元璋，对这座宫殿充满遗憾和担忧。尤其是太子朱标先于他去世后，担忧更为显著。朱元璋于洪武二十五年(1392年)，在《祀光禄寺灶神文》中，写了这样一段话，他说“宫城前昂中洼，形势不称。本欲迁都，今朕年老，精力已倦，又天下新定，不欲劳民。且废兴有数，只得听天，惟愿鉴朕此心，福其子孙。”

    黄鹤一去不复返——靖难以及此后的留都岁月

    朱元璋对“天”的祈祷，显然并没有太管用。太子朱标没等到接位就死了，“仁明孝友，天下归心”的太孙、后来的建文帝朱允蚊，也没能在南京这座宫殿里将龙椅坐热。

    建文二年(1400年)九月，承天门失火，建文帝可能认为这是一种来自超自然力量的警示。于是采纳方孝孺的建议，进行了一系列宫殿建筑更名。例如，改谨身殿为正心殿，午门改名为端门，端门改名为应门等。但两年之后，发动靖难之役的叔叔、燕王朱棣还是率兵攻破了应天。建文四年(1402年)六月十三日，燕王朱棣破城，建文帝点着了宫殿，马皇后襁烧死，他则与太子朱文奎一起消失掉了。成了中国历史上的一大谜案。

    有了父亲的担忧、侄子的先例，篡位的永乐帝自然不愿还继续存南京这座宫殿里面住下去。除了这种有点迷信的担忧之外，朱棣更担忧的还有北逃蒙古势力的反扑。南京离前线太远，让他感觉有些鞭长莫及。于是，继位之后 ......