不知是出于保护，还是破罐破摔的心理，康熙帝将明故宫中残存的一些比较精美的建筑构建，都拆做他用了。其中比较著名的，是康熙三十八年(1699年)他第三次南巡的时候，将明故宫九龙殿的精美藻井，以及残存的十二万张琉璃瓦和丹陛、栏杆等物，拆下来转移到了普陀山的法雨寺。这一行为虽然又一次加速了明故宫的毁灭，但倒是难得地将这座皇宫昔日的一些碎片完好地保留到了今天。不过康熙之外的其他人，就不会考虑到什么“转移保护”了，清朝中叶以来，许多南京人从明故宫中拆运石材和建筑构件移作他用，现多以湮没无存，实为憾事。

    这里面，最令人遗憾的是太平天国时的天王府。由于洪秀全没有选择存明故宫原址上修建府邸，但又一时找不到大量石材，所以就大量地从明故宫拆东西。时人所作的一首诗中，描述了这样的场景：“贼来营造无巨砖，拆城作城众人苦……皇城崔巍入云际，蹂躏经年变平地。”虽有夸张之嫌，但可以想像太平军对明故宫残存建筑破坏的彻底性，据史料记载，太平天国灭亡时，宫殿、宫墙已经基本无存 ......