生物信息学分析患有乳腺癌的乳腺球样本中与自我更新相关的关键基因(2)
1.2 差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)筛选原始数据分为原位乳腺癌样本(BC,对照组)和乳腺癌的乳腺球样本(MS,实验组)。经过t检验后的Gene Symbols相应的P值,使用Benjamini & Hochberg方法对P值进行多重检验校正,得到校正后的P值即adj. P. Value,我们将adj. P. Value < 0.05且|log2FC| > 1.5的数据视为DEGs,即为乳腺癌在不同组织间相关的显著差异基因。
1.3 DEGs的功能富集分析
使用DAVID在线工具(https://david.ncifcrf.gov/),运用默认参数对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology, GO)和KEGG 通路显著性富集分析。
1.4 蛋白质与蛋白质相互作用关系(protein-protein interaction,PPI)网络
本实验根据上一步得到的上调和下调两组DEGs,利用STRING在线工具(https://string-db.org/)进行PPI分析 ......
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