1.3 分子对接方法和原理

    Gold是一款由英国剑桥大学晶体数据中心开发的一款分子对接程序，采用遗传算法(GA)进行蛋白-配体柔性对接，从而计算大分子与小分子结合模式，具有精度高、可靠性高以及操作界面友好等特点。

    对接定义活性口袋设定以HTL14242半径5？魡以内的氨基酸残基组成的活性口袋，即由ILE625、ILE651、SER654、PRO655、SER658、TYR659、ASN747、THR781、ILE784、TRP785、PHE788、VAL806、SER805、SER809、ALA810氨基酸残基构成。

    Gold程序借用遗传算法将化合物Ⅰ-Ⅳ、MPEP、化合物A与mglu5对接，充分搜索构象空间，以找到分子相互作用的最优模式。Gold程序提供了多种相互作用打分，用拟合度(GoldScore Fitness)函数表示。根据拟合度函数值的大小判断分子对接的好坏，函数值越大则分子间相互作用越强，形成的复合物能量越低，越稳定。在Gold对接过程中不允许提前结束对接，对接过程中配体构象可翻转。如无特别说明 ......